Dans les tous premiers siècles de notre ère, les chrétiens avaient de grandes difficultés à pratiquer leur religion, et la
donation par Louis le Pieu (fils de Charlemagne), de la "Villa" (domaine) de Miscaria au monastère de Saint-Seurin (Capitulaire d'Aix la Chapelle , 11 juillet 814) aura été le premier acte historique et la reconnaissance de Meschers. Le terme « Villa » indique l'influence romaine.
Au XIIe siècle fut édifiée une église, que nous devons probablement à Aliénor d'Aquitaine (1122-1204), dont la générosité avec les catholiques est bien connue. Des dépendances et hôtelleries furent construites pour les pèlerins sur la route de Saint-Jacques-de-Compostelle.
Au début du XIIIe siècle, les templiers de la Commanderie des Epaux à Meursac (près de Cozes) installent un monastère à Beloire, d'où ils peuvent venir en aide aux voyageurs et permettre l'embarquement des pèlerins pour traverser la Gironde, tout en assurant leur sécurité.
En 1232, l'Abbaye de St Jean d'Angély construit un prieuré et une première église à Meschers et l'Ordre de Cluny est également présent. Le 7 mars 1293, deux Prieurs Bénédictins de Barbezieux rendent visite à leurs confrères de Meschyers, lesquels font état de leur misère, due à l'importance de la dîme qu'ils doivent verser au Prieuré de Didonne.
Suit une période douloureuse, où Meschers devient tour à tour française, puis anglaise et enfin de nouveau française en l’en 1453, lorsqu’enfin la paix fut signée sous Charles VII, mettant un terme à la guerre de Cent Ans.
La population comptera ses morts et rebâtira son village, notamment son église vers 1480, avec tour et quatre clochetons.
L'activité religieuse et royale est alors intense. Plusieurs maisons de Meschers datent de ce siècle, comme celle de la rue du Port, sur le côté sud-ouest de l'église, où malgré l'érosion du temps le portail de l’ancienne dépendance du prieuré possède encore des sculptures visibles.
Le 13 Avri11598, l’Edit de Nantes signé par Henri IV, a réglé la condition légale de l' église réformée et permis aux huguenots de s'installer à Meschers, ce qui ne mettra pas fin aux guerres de Religion entre catholique et protestant.
